#软件工具#BioGrid 3.2 蛋白互作数据库介绍

2023-05-10 14:56:27

BioGrid 是一个在线工具数据库，通过整合多方面经过人工校正或实验验证过的数据集，提供了广泛全面的蛋白互作信息。

当前版本是3.2.199，收录了超过44135篇文献的研究结果，包括804431个蛋白之间的互作关系，并且可查询多个物种的相关信息。

所有的互作信息都是免费且可供下载的，数据库还提供了多个在线分析和可视化工具。

网址是http://thebiogrid.org/

主界面如图所示，用户可以在搜索框输入要查询的基因名字，包括identifier，symbol，name甚至可以通过发表的文章来查询。下面是物种，从动物到植物以及真菌，可选物种非常全。接下来我们进入分析过程。

图中1号位置全出来的是统计出的与基因PMM2存在互作的结果，统计出存在物理互作的有9个基因，遗传互作的为0个

2号位置为这个基因PMM2所参与的GO term，包括GO process，GO function，GO component。3好位置则详细列出了与之互作的基因。点击details可以看到详细的信息，如图

包括互作类型（BAIT），数据源，验证方法（高通量测序或低通量实验验证）

BioGrid同时也提供了很多在线分析工具，例如

我们以其中GeneMANIA为例，GeneMANIA是一个识别基因集内部关联的工具，即input一组基因集后，数据库根据其底层数据中记录的功能相关性等数据进行分析，从而找到基因之间的功能关联。

点击GO开始进行分析，下面是根据input基因集进行功能关联分析的主页面。

图中节点代表基因，边代表基因之前的关系，我们可以看到节点分为两种颜色，黑色的为导入基因，灰色的为底层数据补充的基因。

边也分为不同颜色，每种颜色所代表的功能可以参考右边的注释，如两个基因之间存在物理互作，参与共同的通路，共表达等等。

数据库还可以根据导入基因进行进一步的功能富集分析，如图，function代表这些基因参与的功能，后面一次是FDR校正后的P值，以及基因在相应功能基因集中的覆盖率。

小结：

BioGrid数据库是一个非常有价值且功能全面的在线分析工具，其底层数据处理高通量预测出的结果以外，最有价值的是还包含了大量低通量实验验证以及人工校正的结果。

同时BioGrid还可以链接到多个在线分析工具，使得分析过程变得既丰富又便捷。数据库中所有对数据都提供免费下载，详细对于研究蛋白互作和基因功能的学者来说,BioGrid会成为你新的选择。

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