新的基因组特征中心着眼于肿瘤蛋白质组学研究

2023-05-18 23:00:13

作者:上海市第一人民医院肿瘤中心 王红霞



期,美国国家癌症研究所(NCI)和美国国立卫生研究院投入基金成立两所新的基因组特征中心(GCC),其中一所位于德克萨斯大学MD Anderson肿瘤中心。MD Anderson肿瘤中心执行副总裁在新闻发布会上谈到:“MD Anderson 在蛋白组学中一直处于领先地位,而且也非常的荣幸成为新基因组特征中心中的一员。”


MD Anderson GCC(另一个GCC位于剑桥Broad研究所)将致力于肿瘤分子特征的大规模研究。该GCC创建后将对NCI资助发起的多项研究,采用基因组学、转录组学和蛋白质组学手段开展进一步研究。系统生物学主席Gordon Mills, MD, PhD和生物信息计算生物学的RehanAkbani, PhD助理教授将共同领导该GCC的研究。


GCC成立后,将专注于功能蛋白质组学研究,采用大样本数据探索肿瘤的蛋白质功能活性变化,对NCI所支持临床试验中的患者标本进行下一步蛋白质组学特征鉴定。功能蛋白质组学研究是综合性癌症研究领域中的关键环节,它聚焦于蛋白质水平变化和构型改变在肿瘤发生和发展的特点,这种变化通常从单一的基因水平鉴定并不能很好的表现出来。研究大规模的蛋白质组变化将进一步了解肿瘤发生的病因和发掘潜在有效的治疗靶点,对癌症和其他疑难杂症的治疗均具有极大帮助。


外,对蛋白质组学特征变化的研究将有助于指导研发新的肿瘤靶向疗法,通过在NCI支持的临床试验中进行标本测试,推动“合理药物组合”的发展。在这一研究中,反相蛋白质阵列(Reverse phase protein array,RPPA)将发挥重要作用,为肿瘤样本大规模分析提供可能。


Gordon Mills 教授介绍,在新GCC的努力下,可纳入尽可能多患者样本(多达25000病人样本),自动RPPA平台允许检测至少150种抗体对超过1000个样本进行一次性可靠分析。对最终产生的肿瘤患者样本RPPA数据进行分析,可鉴定对某一肿瘤治疗药物或不同药物组合具有耐药性的蛋白质分子特征,该数据将影响病人的临床治疗以及合理药物组合的临床选择。


点 评

随着人类基因组计划的完成和功能基因组时代的到来,蛋白质结构与功能研究越来越重要。癌症基因组图谱研究项目已经从DNA、RNA、蛋白质和表观遗传水平对肿瘤发生发展过程中的分子突变进行系统性研究,阐述不同肿瘤来源分子特征的异同。GCC的建立,通过大规模蛋白质组学分析以进一步支持临床试验与精准医疗的开展,推动特异性生物标志物的鉴定和对特定治疗方案疗效的敏感性评价,同时对于罕见癌症类型或不常见特定类型突变的鉴定具有重要价值。该项研究将整合高质量的患者临床数据与基因组学、表观遗传学和蛋白质组数据信息,为转化研究提供一个令人难以置信的信息宝库,这是如何协同科研工作可以产生重要临床认识的一个很好例子。(编辑:许景红)


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