【质谱】定量蛋白质组学---蛋白标记技术

2023-05-18 23:00:13

点击上面蓝字↑↑↑关注【解螺旋】

——日读一帖，解螺旋大V团队伴你科研路

来源：北医研究生

质谱 (Mass Spectrometry，MS)：

　　具有灵敏度、准确度、自动化程度高的特点，能准确测量肽和蛋白质的相对分子质量、氨基酸序列及翻译后修饰，开启了大规模自动化的蛋白质鉴定之门。而以质谱技术为基础的定量蛋白质，是当前研究重大疾病致病机理及药理控制机制的必要手段。目前，定量蛋白质组学研究技术主要包括以质谱检测为核心的稳定同位素化学标记（iChemistry™方案）、体内代谢标记（SILAC技术）和AQUA多肽技术.

iTRAQ — 同时分析8种样品

多样品同时分析使得剂量分析、时间水平上的动态监测、生物标志物研究和目标蛋白质的绝对定量等重要研究成为可能。

iTRAQ试剂盒包括4种（114、115、116和117）或八种（113、114、115、116、117、118、119和121）相同质量的胺活性试剂，能对蛋白质水解的肽段进行标记，然后用质谱技术对这些多肽进行定量分析。这种简单的基于肽段的iTRAQ®工作流程（下图）突破了很多局限性，可应用于蛋白质定量方面的全面研究，包括蛋白质翻译后修饰的定量、亲和纯化样品所得蛋白质和膜蛋白的定性定量。

特点

1、实现对多组样品的同时定性和定量分析

2、使蛋白质/蛋白质组分析的覆盖度最大化

3、增加了数据的可靠性和相关性：可对多达8个样品同时进行定量分析

消化混合

标记

色谱图

二级谱图

一级谱图

SILAC技术 — 体内氨基酸代谢标记

SILAC技术利用标记的氨基酸在细胞培养过程中对蛋白进行标记，常用于比较蛋白质组学、蛋白质与蛋白质相互作用、蛋白质与DNA相互作用、蛋白质与RNA相互作用等领域。

SILAC技术原理十分简单：两组细胞同时培养，A组添加的是正常的“轻型”氨基酸，B组含有稳定同位素标记的“重型”氨基酸，细胞传达若干代后，稳定同位素标记的氨基酸完全掺入到蛋白质中，取代了原有的氨基酸。将两组细胞混合后提取蛋白，通过质谱鉴定可出现两段峰值，低分子量的肽段含轻型氨基酸，来源于A组，高分子量的肽段含重型氨基酸，来源于B组。如果SILAC肽段对呈现1:1的比例，则两组样品中此蛋白的丰度无异，反之则有差异

特点

1、体内标记，样品处理等带来的定量偏差较小，结果更精确

2、标记效率高，且不同蛋白的标记效率没有差异

3、灵敏度高，蛋白质需要量少

4、高通量，可同时鉴定并定量数百至数千种蛋白质

5、线性定量范围广